ＣＭＹＫ文書由来のPDFとＲＧＢ文書由来のPDFの差ということはないかな。

CMYK文書をPDFにした場合、黒の部分がK=90+CMY各65ぐらいの
リッチブラックになってることがある（Adobe系ソフトでCMYK文書を作ると
デフォでそうなる〜カラーレーザーだとむしろその方がいい）。
CMYK文書にはカラープロファイルが含まれていることが多く、
さらにカラーマッチングなどを行ってRGBに変換してRGBプリンタドライバに
送られる（CMYKデータをダイレクトに処理できるのは純正PostScriptのみ）。
変換が繰り返されるし、元データがK=100じゃないので、最終的に黒が
黒でなくグレーとして変換されているのではないか。

「はやい」はカラー再現性を考慮していないモードだから、ある明度以下のものを
すべて黒にして印刷しているのかもしれない。一方「きれい」はカラー再現性を
ある程度考慮するため、濃いグレーはグレーとして印刷しているとか。