大丈夫だと思うよ。
ただ、一度でも剣盾に入れたことがある個体はピカブイに入れられなくなる。
（ラッキーは剣盾に入れることができないのでそうなることはない）
それと、スイッチ本体のアカウントを増やせば、今あるセーブデータを消す必要はない。