ある事に気づいたので報告をば
３ＤＳでポケトル起動→玉が欲しいポケモン（ニャビーとか）を一回プレイしたらホームボタンを押してゲームを終了
また再度ポケトルを起動してのプレイの繰り返しの方が高確率で玉がゲット出来る
察するにポケトル起動時の初回が一番玉出現率が高めに設定されている様子
この方法を試したら五連続で玉出現したのでほぼ間違いはないと思います

某ネトゲのガシャもログイン時の初回しのみ
比較的良いものが出る設定になっていることを思い出して
試してみたところそれと同じ検証結果が得られました