HGSSのクリスタル要素
主人公の性別を選択できる
スイクンを追う男「ミナキ」の登場
ガンテツにぼんぐりを預ける際、同じ種類のぼんぐりに限り複数預けることができる
焼けた塔の元々の名前が「鐘の塔」
アサギシティの西に「バトルタワー」を含む「バトルフロンティア」実装（プラチナからの流用だが最低限の手直しはされている）
アルフの遺跡の隠し部屋
竜の穴である条件を満たすと神速ミニリュウをもらえる
交換イベントがクリスタルベース＋α

ORASのエメラルド要素
ジョウト御三家が貰える
エメラルドでの手持ちを持ったミクリと戦える
ポケナビの新機能「エントリーコール」がイベントでのみ使える
ルネジムの新ジムリーダー・アダンは名前が登場する程度
バトルフロンティアはバトルリゾートに建設予定という設定（完成するとは言ってない）
バトルシャトレーヌ戦でフロンティアブレーン戦BGMが流れる

改めて比較するとORASは申し訳程度の要素しかないから圧倒的にしょぼすぎる…
FRLGですらLGの図鑑が青版ベースになってたりピカチュウ版同様にタケシ対策に使えるマンキー入手可能になってるのに…