CRで保存したファイルを読み込んで、
一部の\rとか\nとかtrimで除去してたらおかしくなってしまいました。
CR+LF、LFは問題ありません。
コードでどうにかするのはめんどくさそうなので、
CRのファイルだったらLFに内部で変換するようなことってできますか?