>system系の関数使って実行ファイルを叩くのとどう違ってくるのかと考えると

systemやexecは、php.iniで包括的に設定するしか手がない disable_functions 設定で禁止できる
かなり違うんじゃないかね

http://php.net/manual/ja/info.configuration.php#ini.enable-dl
>このディレクティブは、Apacheモジュール版のPHPを使用した場合にのみ 有用です。
>PHPの動的ロード拡張機能をdl()で 仮想サーバー毎またはディレクトリ毎にオンまたはオフに変更することが できます。
>
>動的ロード機能をオフにするのは主としてセキュリティ上の理由によります。
>動的ロード機能により、 open_basedir の拘束を全て 無視することが可能になります。