>>375
mysql系統だと、1つのSQLにつき1つのIndexしか使えない
処理が遅い時は、indexが上手く機能してない場合がある

処理が遅い所でdebugkitからSQLを拾って、処理時間が長いものを探す
で、そのSQLに対応したindexを作ってみると改善する
俺の環境では、このパターンが多い
ま、サブクエリが発生してたらクエリビルダーを書き直すという泥縄だが

環境はこんな感じ
CentOS7.1,Apache2.4,PHP7.2,mariadb10.0(innodb)
開発環境:Windows7 + VirtualBox5.1.5
本番環境:Amazon EC2