ファイルベースが特段煩雑とも思わんが・・・。
素人向けのレンタルスペースでも動くスクリプトを配布したいんなら無しでしょうね。
ただPHPが動くレンタルサーバでDBが入ってないとこなんてあんの？知らないけど。
どちらも押さえときたいなら両方作って配布するとか。