作る際の効率が問題なら、そもそもwebアプリでCは選択しちゃダメ。
5年って、アナタたぶん作ったことないから死ぬほど安全に見積もってるよね?
アプリケーションサーバって、そこまで作るの大変じゃないよ。やることは基本的に待つだけだし。
実際は余暇を二週間位でも最初のプロトタイプ位はできるんじゃ...
まぁ、既存の適当にかかれたCGIをスレッド対応にするのは骨がおれると思うけど。

libaprのメモリプールの返却云々については、apr_pool_create の第二引数参照。
作業とか、ループとかにサブプールを作って、必要なメモリはそこから確保して、
終わったらサブプールだけ開放するって感じで。

でも、確かにCGIじゃないのでもうやめます。
fastcgiもCGIじゃないのではって気するけど...