相当大きなものなのでしょうか？
でも、それだけの実力者なら、時間は多少かかるものの簡単にできるのではと思います。
私の場合は、最初はプログラムの中でFastCGI仕様にしようとやっていたのですが修正が多すぎたので、main関数自体を別関数に変えてFastCGI仕様にしたらかなり楽に解決できました。
外部変数さえなければ、この技（というほどのものでもないですが）は有効だと思います。
apache moduleとして組み込むのは、一人で開発してますので、チェック機構（自分自身）に信頼がおけないのでやらないことにしました。
Ｃ言語で作る場合、FastCGIとmodule型は速度的にそれほど大差がない（処理速度は同じで、結果をWebServerプロセスに渡す渡し方の差しかない）ので、どちらでも良いのでしたらFastCGIを私はお勧めします。
スクリプト言語で組むなら、圧倒的にSpeedyCGIが抜きん出て、FastCGIのスクリプトを常駐させるアドバンテージとmodule型のスレッド通信のアドバンテージが相殺してあまり大差ないようですが。
いずれにしても、Ｃ言語でＣＧＩが組めるのは（その根性があることこそが）大きなアドバンテージですので、お互いに頑張って良いものを作って普及させましょう！