index.htmlのアドレスがhttp://hoge/だとして、
index.html内で<a href="http://hoge/?page=0">とすると
リンク先が強制的にhttp://hoge/index.html?page=0に変換されてしまいます。
(ブラウザのアドレスバーにhttp://hoge/index.html?page=0と表示されてしまう)
これを回避する方法はありますか？

勝手ではありますが、ブラウザのアドレスバーにindex.htmlを表示させたくないのです。