DocumentRoot以下の任意のファイルにアクセスしたときに/index.phpに強制的にリダイレクトさせるには
どうすればいいでしょうか

.htaccessに
ErrorDocument 404 /index.php

でいけると思ったのですが
/manual/ja/
にアクセスするとApacheのマニュアルが見えてしまいます。