例えば複数レスしてる書き込みがレスの分だけダブったとして、
それに対するレスもダブらせてしまうのはダメですか？
読むときに人間は判断できますから、
抜けるよりは無駄がでたほうがましなのではないかと・・。
出力が膨らんでしまうかもしれませんが、「完全表示」として欲しいところです。

これは一つのアイデアなのですが、
いったんそうやってダブらせるだけダブらせたツリーデータを最後に、
「自身にレスがついていない複数レスカキコ」についてだけ、
「レス先と番号が対応している有効レス」以外の部分をカットすれば、
出力の無駄を最低限に抑えられるのではないでしょうか。

人間が判断しなければ分からないところは
ダブらせたままにしておくしかないというか・・。