Folding@Homeで難病解明 Part12【FAH】
レス数が950を超えています。1000を超えると書き込みができなくなります。
Folding@homeは、タンパク質がどのように自力で組みあがっていくか(folding)を
シミュレートし解明する分散コンピューティングプロジェクトです。
アルツハイマー、がん、狂牛病、パーキンソン病などはタンパク質の異常なfoldingが
原因と考えられており、foldingを解明することはこれらの疾患の解明につながります。
みなさんのコンピューターの余力を使って、タンパク質のfoldingという複雑な問題を解明しましょう。
現在、新型コロナウイルスに対抗するための解析を重点的に行っています。
■前スレ
Folding@Homeで難病解明 Part11【FAH】
https://medaka.5ch.net/test/read.cgi/pc/1588984623/
■当スレッドのチーム
チーム名 ：Team 2ch
チーム番号：162
https://stats.foldingathome.org/team/162
まとめWiki
https://team2ch.net/
■Folding@Home公式
https://foldingathome.org/ 10万の手続きして経済回すために
中古PC買ってしもた 1080Tiのファンが異音してた
SLIだから別のファン交換も難しそう 100Wパネルx2→12V 50Ahシールドバッテリ→USB-PD→ノートPC
ってお手軽オフグリッド構成で回してみたけど晴れた日以外は途中でバッテリ切れになるなぁ >>849
おいらも初めて見た時には「うぉおおおコレ結合する瞬間を見つけたんじゃね？？」
とか思ってメチャメチャ興奮したのを覚えてるｗ
残念ながら割とよく見る。 Thunderbolt3の外付けGPUボックスに2070superつっこんで回してみてるけど、
WUによるものの、ほぼフルのPPDを出せてるな
Cuda回すだけなら十分帯域間に合うのか 夜の間だけ旧メイン機5930Kと980Ti投入！
最近E系で組んでない情熱枯れたスレ民だけどまだまだ回すよ >>857
そりゃ、Thunderbolt3はPCIe x16(Gen3)より転送速度早いからな ウチのGeforce GT1030が遅い理由が判った。
地雷だった(´･ω･`)
搭載メモリがGDDR5とGDDR4のモノがあるらしい。
ワシのはGDDR4でベンチマークだとGDDR5の半分しか出ない。
という訳で、省電力で良さげなビデオカードを模索ちう。
何かオヌヌメのヤツありませぬか？
補助電源ナシのヤツがイイです。 素直にGDDR5版1030でいいんｼﾞｬﾏｲｶ
もしくは1050
1650はF@h的にじゃじゃ馬っぽいしオススメできない >>861
俺もスリムタワー用にGTX1030のロープロ仕様を検討中。
フルでも良ければ中古のGTX1060-6Gなら安くて素直かなぁ。
>>557で書いたとおり、460KPPDくらい出てるっぽい。 ウチも1060 6Gあるけど宿題詰まってない時でも実働25～30万PPDぐらいだなぁ
Estimated PPDの値直読みだと45万ぐらいあるんだけど
ちなみに980Tiが38万PPDだったのでワッパ半分の1070っていう感じ >>860
PCIe 3.0 x16は128Gbpsで、Thunderbolt3は40Gbpsだぞ げんさんとげんしが混ざってる過渡期だからなぁ
IntelってGen4まだ無いでしょ？ F@hサイトに新しい研究成果が載ったよ。
内容は、コロナ関係ではなく、心臓など筋肉の動きに関連するタンパク質の解析。
Conformational Distributions of Isolated Myosin Motor Domains Encode Their Mechanochemical Properties
https://foldingathome.org/2020/06/04/conformational-distributions-of-isolated-myosin-motor-domains-encode-their-mechanochemical-properties/
論文の本体は次のリンク。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32479265/
挙げられていたデバイス。代表的な機種だと思うけど、すそ野は分からない。
GPU: Tesla K20, Titan Xp, Tesla P100, Quandro RTX 6000
CPU: Xeon E5-2650 v2, Xeon E5-2630 v3, Xeon E5-2690 v4, Xeon Gold 6148 (2.4～2.6 GHz)
1ノードあたりの処理量は次の通り。高性能な機材でもわずかしか進められないことが
示されている。膨大な数のデバイスを集められる F@h だからこそ可能な研究なんだろうね。
Tesla K20 or Titan Xp: ~22 ns/day
Tesla P100: ~61 ns/day
Quadro RTX 6000: ~95 ns/day
最後にF@hのメンバーへお礼が述べられてたので引用します。
We are extremely grateful to the citizen scientists of Folding@home for their generous donation of computing resources.
我々は、Folding@home の市民科学者が計算機資源を惜しみなく提供してくれたことに非常に感謝しています。 >>871
ありがとう。
コロナ禍が始まって以来、社会に対して言いたいことが山ほどあった。
でもそれを喚き散らすだけなら、愚かな市民の仲間入りをしてしまう。
そんなモヤモヤを抱えて日々を過ごす中で、自らの精神的な健康を保つためにF@Hを始めた。
最後の引用文がそんなモヤモヤを綺麗サッパリ洗い流してくれたような気がする。
引用文の元を自分で読んでみたくてググってみたけど、ツイートや論文や、
あらゆる文章で必ず添えられているフレーズだったんだね。
彼らが必要だと思う研究に自由にリソースを振れるよう、
COVID-19からAnyに戻すことにするよ。
教えてくれて本当にありがとう。 >>871
俺も研究者の端くれだけどextremely gratefulなんて聞いたことがないほどの表現だな。
後で読んでみよう ミオシンはこの前まで優先的に来てたからもうすぐ終わるんだろうと思ってたけど
解析終了から研究発表まではやいな グラボ初心者なんです
このFAHでGPUを使うとき、CPUもそれなりに早くないと計算スピード落ちますか？
第４世代CPUにGTX1650のせようと思うのですが 何の第4世代か分からないけど、Haswellかな？
PentiumやCeleronでもGPUだけならそんなに影響はしないと思うけど
あと上の方でも書いてるけどGTX1650はじゃじゃ馬だから勧められない >>876
マザボがUEFIに対応してるんなら1650でもいいんじゃない？ >>876
CPUがそれなりじゃないなら、CPUオフにしてGPUだけ回すのもあり。 >>878
>>879
ありがとうございます
インテルの第４世代のi5-4590です
第４世代あたりに発売されたPCは、UEFI対応が多くなったと調べたのですが・・・
1650はもう買ってしまいました
補助電源なしで買える現時点で一番早そうな1650を選んだつもりですが・・・ >>876
IvyおじさんだけどラデVIIにがんばってもらってるよ
CPUは暑くなってきてるし速いわけでもないからしばらくお休み >>880
CPUはオフにするつもりです
1650は補助電源なしとはいえ、PCIから供給される最大電力の75Wなので >>883
ハスで1650動かしてるけど問題なし
電源は550W >>882
IvyにラデⅦですか・・・
これから暑くなるので、GPUとCPUの同時稼働はファンが悲鳴を・・・ >>884
ありがとうございます
問題ないなら動かしてみますが、電源確認してなかった >>881
上にも書いてあるけど
GTX480ってやつが凄いらしいよ >>887
すみません、家業でごみ回収はしていません リアルガチ勢ってマジすごいね
ReiN@IYH@meow @BonazaN
5608コア11216スレッドでBOINC(WCG)廻すガチ勢。
安鯖のMX130S2を282台、TX1310M1を161台購入。
安鯖とサーバーラック置き場のためにマンション購入、太陽光発電設備、風力発電設備と地熱発電のため温泉別荘地購入。
『全自動相場師 5249万円/day』
好物はルートビア、ドクペ、ミント菓子 BONICって、ラズパイ４でも参加できるCPU限定と知ってはいるが >>881
i5-4590と1650のボトルネックは15%位らしいですね参考までにサイト貼っておきます
ttps://pc-builds.com/calculator/Core_i5-4590/GeForce_GTX_1650/0A213Mlu/8/
私もボトルネック数値似たようなもんですけどできる範囲でゆるーくまったりいきましょ( ^^) _旦~~ >>891
こんなこと計算するサイトあるんだ～
なんやねんこれ
Your processor is too weak for this graphic card. >>892
お前のCPUは雑魚やで、ってストレートに指摘 >>892
「CPUが貧弱ゥ！だからもっといいCPUじゃねえとGPU使いきれねえぜ？」って言ってるね
ボトルネックが10%超えるとそうなるみたい やってみた
サンデーブリッジに1070,1080,980勧めてくるｗ
ttps://pc-builds.com/calculator/Core_i7-2600/GeForce_GTX_1650/00113Mlu/8/
まだ戦えるってことか... 3990Xないから3970Xでやったら100でvega64じゃ不足とか言ってきた
今さらそんな情報が何だというんだ！ あくまでも指標ですからどちら様も熱くなるのは室温とシステムだけで(笑)
先人の受け売りですが無理はせず続ける事が大切と教わったので私は電気代と相談して適当にやってます
出来る範囲でまったりいきましょ( ^^) _旦~~ >>896
ちゃうで～
サンディーで1650は使うってことだよ sandyはPCIe2.0だしな
sandy-Eなら3.0だが さほど気にする評価じゃ無さそう
うちの6.66でgreat together言われる程度だしFAHの評価では無いわ >>901
1650使うなじゃなくCPUに対して弱いじゃない？ ほとんどのボトルネックチェッカーはあくまでゲーミングPC組むときの目安だし、ゲームタイトルによってバランスのとり方が違ってくるのでほぼ参考にはならない
CS:GOで240fps維持するのとMHWで60fps維持するのではGPU負荷はあまり変わらないが、CPUのシングルスレッド性能やメモリクロックの要求はだいぶ違う
これに画質設定の差異も影響する…ここまで指定できるサービスなら参考にもなるが そもそもFAHはGPUのコンピュート部分しか使わないからな
ある程度比例するとはいえ、いわゆるGPUの性能とはちょっと方向性が違う 高性能GPUは待ち時間が多いのであれは、複数CPUの多coreな鯖を仮想化して、ゲストOSを沢山立ち上げて
分散して宿題やらせるのが一番効率的ってコトなのかな(´･ω･`)
windowsだとcoreライセンスとか面倒だからCentosでいいや。 やってみた
「AMD FX-8350 Eight-Coreに置き換えることをお勧めします」 GT1030入れるとたいがいボトルネック100%になる罠 ３～４日回しているとGPUだけ宿題を取得できなくなって、CPUだけ回ってる。
再起動してやると何事も無かったかのように。過去にも誰か書いてましたよね。
部屋が熱くならないから良いのだがｗ
なんなんだろうなぁ。 >>912
たまにそういう時あるね
Next Attemptの時間伸びてるのかと思いきやそうでもなく
全く宿題取りに行かなくなる感じ 専用ブラウザーで急に書けなくなった
2chAPIProxyが立ち上がらない 2chAPIProxyは立ち上がったが、板全部の更新が一気に出来ない >>891
2070superと3570kの組み合わせではボトルネック58パーセントでCPU弱すぎ、9900kとでは2パーセントで問題無しと出るが、実際はほぼ同じPPDで運用できてる。（両方とも150万PPDぐらい）
FAHやる分にはこの計算機のボトルネックまでは考慮しなくても大丈夫じゃないかな。 さすがにSandy Bridgeと2080Tiではボトルネックになる
https://www.overclock.net/forum/55-overclock-net-folding-home-team/475163-gpu-projects-ppd-database.html
などの値より10～20%くらい低かったと記憶している
それでついにSandyおじさん卒業を決意したわけ
今はRyzen3000番台おじさんに 正直言って1155世代はi7以外厳しいし、流石にPCIE3.0非対応はボトルネックになるわな
ちなみに1155世代はIvyのi5かi7でZ77との組み合わせに限りPCIE3.0対応してる模様 既にzen2に移行したって話だから最早どうでも良いんじゃね 宿題のアップロードって遅いね(´･ω･`)
150MBくらいのファイルをupするのに30分以上掛かってる。 ふとF@Hに飽きたときに
「何で俺はこんな無駄に高いグラボを買ってしまったんだ」
て絶望するところまでセット 最近ゲームしてない無駄グラボを活用してるから逆だな >>922
FAHではi5でも全く問題ないと思う。
うちは3570k→9900kに買い換えたけど、GPUだけでのポイント差はほぼなかった。
あと、うちのz77だけってこともないと思う。b75だがpcie3.0ついてる。 >>925
F＠ｈ回してない時新しいゲーム初めてステイホーム強化してます(｀･ω･´)ゞ 中古パソコン買ったが
FAHのインストールに失敗した
Ubuntu入れて再試行する >>930
余計ハマるのでは…ｗ
ちなFAHControlは20.04LTSだとうまく入らんぞよ ここ数日、フォールディング用のリグに積んだ古いGPUにWUが降ってこなくなって
調べてました。
2ヶ月前のRedditにもWUが降ってこないスレがあって（WUが枯渇した頃）
誰かがWUが補充されれば解決するんだから騒ぐな、
設定が違っているとかがあるかもしれないけど
基本的にWUが無いのは計算能力が足りてるからだ。
それは良い事なんだよ。
と書いてる人が居て、確かにそうだなーと思いました。
最近スロットをグリーンに維持しようとしてばっかりだったので
肩の力を抜こうと思います。もちろんF@Hは続けるけどね。 >>931
Win10を残して、Ubuntuを入れました
Ubuntuのバージョンは1つ前の10.04LTSにしました
梅雨入りするので、湿度はあっても温度が低い日が続きますが
梅雨あけたら、一時休みますわ
チーム内500以内に入りました
今のところの目標は1000万です WSLでFAHを動かしてみた
PPDは仮想/物理のLinuxに近い値が出てるようなんで、使ってるライブラリの効率の違いかなぁ(この構成でもWinよりは稼げる)
https://i.imgur.com/Da5lm9I.jpg i5 8400+1050Tiから1600AF+RX5700無印にアップグレードして復活 画面の再ロードを繰り返すのは昔あった不具合。>>1 のまとめwikiに載ってる Chromeとかで発生してたけど、たぶんクライアント最新版にすれば直る >>937
ええな
8400+1050Tiは表示40万実質25万PPDぐらい？
そこからどれだけ伸びたんだろう、気になる *uzu*i ってuserさんが現れて、あっと言う間に追い越してったwww 主にFahの為にパワカラのRX5600XT買ったらめでたくUNAXのTLC PCIe4.0対応1GBSSD当たってラッキー
応募者少なかったんだろうな >>943
PPD気にしたこともなかったから分からんけどとりあえずGPUの解析速度が
明らかに上がったことだけは分かる
CPUは12スレッド走ってもシングルがCinebenchR15で180行かないクソザコだから
以前と同じかトントンだと思う 同じかトントンっておかしいな
トントンか下がってるだな Pascal を復活させてみたが、PPDはRTXの半分ぐらい、300-350wも消費しているし効率悪過ぎる
早く来い、Ampere Maxwellで頑張ってるσ(ﾟ∀ﾟ )も居ますよ
給付金入ったら3080Tiの足しにするとかイラン事考えずに
とりあえず眼の前の980Tiを2080に替えるんだ… レス数が950を超えています。1000を超えると書き込みができなくなります。
