①被験者の数が少なすぎる。

②どのような順番で配列の練習をしていったのか書かれていない
ワープロ未経験者と書かれていますし、この時代はパソコン自体一般的に普及しておらず被験者の中にはキーボードに触ること自体初めての人もいる可能性が高いです。
従って、一番最初に練習した配列よりも一番最後に練習した配列の方が指がスムーズに動くので有利になります。

③40時間の練習の内訳が書かれていない
単純に40を3で割って3つの配列を13.3時間ずつ練習をしたのか、それともNICOLAだけ偏って練習をしたのか不明。

④40時間終了時点でもっとも速かった配列が最も優れた配列なのか？
一つの配列につき40を3で割って13.3時間練習した段階って、まだ入力がおぼつかない状態でしょう。
そんな段階で比較して優れているも何もないのでは？

⑤仮に40時間の練習終了時点でNICOLAが速度においてもっとも優れていたとしても、その後の伸びが不明
40時間の練習終了後も同じように3つの配列を練習し続ければ速度が逆転する可能性があります。
100時間、500時間、1000時間練習後の3配列の速度はどうなるのか不明。

⑥一人が3つの配列を練習したのではなく、一人につき一つの配列だけを練習していたならば、その結果は配列の優劣ではなく個人の能力の優劣の可能性がある
指が器用に動く人にあてがわれた配列は、当然調査結果は速くなります。
これでは配列が優れていたのか個人の能力が優れていたのかわからないです。

⑦被験者の年齢が不明
一人につき一つの配列を割り当てられていたとしたら、若い人に割り当てられた配列が速くなり、年老いた人に割り当てられた配列が遅くなります。
これでは配列の優劣を正当に評価できません。

＞2 標準時間法による入力方式別速度比較実験
＞　日本能率協会による標準時間法に基づいた入力速度の比較を行ったが、やはり同様 の結果を得た。
全くもって意味不明ですねこれ。
日本能率協会による標準時間法に基づいた入力速度の比較とは、どのような測定方法なのか不明。