でもINT13で止まるってことは高速CPUが原因の可能性もあるな。
MS純正のAMDK6UPN.EXE(PC98用)を持っていないので検証が
できないが、（フリーのパッチはI適用したがIos.vxd、Esdi_506.pdr、
Scsiport.pdrにしかパッチが当たらない。通常の環境ならこれで問題ないが）
MS純正のパッチは下記のファイルが入っている模様
Esdi_506.pdr、Hsflop.pdr、Scsiport.pdr、Cdfs.vxd、Disktsd.vxd、
Int13.vxd、Ios.vxd、Vfbackup.vxd（、Ntkern.vxd）
ただWin95無印/OSR1もインストールして検証してみる必要があるな。
起動すれば、これが原因の可能性が高くなる。（但しWin95無印/OSR1でも
高速CPuで起動不安定・起動不可になる場合もある。）