本当に
>開いていたウィンドウが閉じ、
>プログラムも終了してしまっています。
なのかな？リモートでスクトップで違うセッションに接続しているだけの
可能性は？

まず、リモートでスクトップ使ってるんなら、mstsc /consoleで起動し、
必ずコンソールに接続してみるとか。