いまいち何が聞きたいかわからん質問だけど
クリアフラグのリセットは火曜日の17時
PT内の今週のクリア者が0人なら宝箱2個、1〜4人なら1個、5人以上で0個
その判定に箱のドロップの取得関係なく、クリアしたかどうかだけ
断章はPT内のクリア者関係なく取得
RFで行くならクリア目的で行けば今週のクリア者は来ないので確実に箱2個出る

とか書いたけど実はPT内のクリア者の数での判定ではなく、PT内の未クリア者の数で箱の数が変わるので
未クリア8人集めても、コンテンツ中に落ちたりとかしてボス撃破時に8人揃ってない場合は箱が減る
はず