>>868
答えからいえば、変わります
仕様のまとめはまずはここから確認されるといいかもしれません
https://mabinogi.wikiwiki.jp/追加装備スロット

あくまでもスキルの使用武器制限によって自動切換が（環境設定時に）発生しますので
表に装備した武器や追加スロットに収めた武器の種類により優先順が変わってしまったのではないでしょうか？

>>869
ペットもパートナーも仰る通りです
ただし、ペットはディバイリンクという経験値が優遇される（主人と同等＋α）スキルの対象ですので
スキルをお持ちなら都度蘇生してリンク…もしくは死なせないように振舞う方がお得かもしれませんね（特に高Lv時）