武器の読み込みはどうしても発生するようです。
スペックは関係なくサーバーとのやり取りに時間がかかるようです。
武器に関連付けられてるPAの種類やレベルの情報を読み込んでいるものと思われます。

対策はミッション開始時やブロック移動直後に武器パレットをぐるぐる回して
あらかじめ武器が使用可能になるまで読み込ませておくことです。

ただし注意点として同時に読み込めるPAの数には上限があるようです。
これはwikiの小ネタ裏技に書いてあることですがいくつが上限なのかまでは書いてありません。