LPが減るのは
・ユニットを破壊された時
・敵の領地の上でターンを終えた時（攻撃を仕掛けて奪えなかった時も含む）
・自分の山札が無くなった時（カードを引くタイミングで引けない枚数分だけダメージ）
・血の発火など、LPが減少するスペルを使用した時
こんなくらいだったと思います。

問題の状況は以上のいずれでもないように思えます。
一番考えられるのは山札切れですが、自分のLPが減ったのは正確にはどのタイミングでしたか？