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東京大学理科三類と慶応大学医学部 は、全国規模で二大学閥、二大ブランドを形成しているが、同時に互いに敵対し排除しあう確執関係にもある。この確執の元は、両学部の成立過程にある。


周知のように東大医学部の前身は、帝国大学医学部として日本最初にできた大学医学部である。それはドイツ医学を範とする研究中心の医学を推進することを趣旨とするもので、さらに権威主義と官僚主義という悪しき傾向を携えていた。
東京帝大医学部が目指したのは、ドイツ医学を日本に輸入し、患者の治療よりも官僚的医学者を養成することを重視し、全国の大学に教授をばらまき、権威のピラミッドを築くことであった。
その運動の中核を担い先導役を果たしたのが、東京帝大医学部初代内科教授の青山胤通(たねみち)であった。
彼は医師としてはたいした実力はなく、組織の長となって派閥を形成することを目指す、いわゆる出世志向の学者だった。
しかし、青山が活躍していた頃、ドイツからノーベル賞の候補にも挙がった世界的細菌学者・北里柴三郎が、欧米の大学・研究所の誘いをすべて断って、祖国・日本に戻ってきた。
青山はとんとん拍子に進学・卒業・出世したエリートであるのに対して、北里は東京帝大医学部出身とはいえ、苦学を重ねた傍流であった(31歳で卒業)。

ただし、医師としての実力は北里>>>>青山であった。それに対して、官僚的学者としての権力は青山>>>>北里であった。
北里は帰国後、東大医学部付属の伝染病研究所の所長となり、そこを開かれた組織にしようとしたが、北里の純粋な学究心と反権威主義を嫌った青山は北里を自らの権力によってクビにした。
路頭に迷った北里に再就職先を提供したのは、慶應義塾の創業者・福澤諭吉だった。
福澤は権威主義と官僚主義に反発した思想家であったが、彼が北里を援助して慶應医学部とその附属病院を設立させたのである。

これが、今日まで至る東大医学部と慶應医学部の確執の源泉である。