男女別学は
男子においては成長の早い(小学校高学年から中学は男子より優秀な)
女子に劣等感持たずにいられること。
そして女子いないためオタク化しても白目で見られず理数系能力伸ばせること。

女子においては男子いないため、男子に嫌な仕事押し付けたりできず(男子が成長してくる
高校生時になってからも)女性だけで色々な事(クラス運営やクラブ、学園祭)
をしなくてはならず、リーダーシップ養成できること。