まずメールで直属の上司に
〜の理由で退職を考えております、
お時間あるときに相談させてください、でいいでしょ。
あとは流れに身を委ねれば良いです。

有休消化は必ずしましょう。
勿論、次は決めてから動きましょう。

基本的に、それまでマジで頑張ってた人には
なんだかんだ会社は優しいと思います。
逆に中途半端に逃げるように居なくなる人には
マジで何だこれってぐらい冷たいと思います。
社会ってそういうものです。