どうしても球数制限というなら、

・7回制の導入、延長8回からは即タイブレーク
・低反発金属バットの採用
・1試合100〜120球までに制限
・最低でも中3日の休養は確保出来るよう日程緩和

これらを同時並行すれば、まともな投手が1人しかいない学校でもエースの過度の酷使を防ぎながら勝ち進む余地を残せるかな。
最後の日程緩和は滞在費、及びプロとの兼ね合い等から実現は困難だろうけど…