ゲーム部分で大きな違いはない
パッと思い付くのはPSP版はリクルートでいろんな素質持ってる兵士来るけどPS3版は実戦兵だけだっけ
あとPS3版はPSP版よりネット接続が容易だからcoopsや対戦が気軽にできると考えればそこはある意味大きな違いと言える