専科→大卒、国税専門官の試験に合格したものが進む過程。
本科→経験者、再チャレンジ、普通科（高卒または短卒）から、試験等により選抜されたものが行ける過程。
本科がレベル高いといいますか、専科研修は長期研修が多く、普通科等は研修が最初の一年間意外は短期スポットが多いので、本科のような長期研修でレベルアップが図れるという感じですね。因みに経験者は普通科のような扱いですので、選抜試験で合すれば、本科にいけます。