良くわかんないけど
vitashellでのusb接続は大丈夫なの？
容量表示は？

sd2vita以外に純正メモカが刺さってたりフォーマットがおかしくなければ
大丈夫だと思うし
自分はqcma使ってたけどそんな経験は無いから分からんな………。

アロケーションユニットサイズとかの指定とかも間違ってフォーマットしてないよね？
32とかにした？
256なら32 512なら64
それしか、原因が思いつかない。