ChoiDujourNXでアップデートした時点ではfuseは焼かれない
焼かれるのはOFWで起動した時に、
OFWのVer.で規定されたfuse数と現在のfuse数との間に齟齬がある場合
だから常にRCM→CFW起動していれば焼かれることは無い

それにOFWを起動してfuse焼かれてもChoiDujourNX使ってるくらいなら
CFWに対応しているVer.にアップデートしているだろうからCFWは起動する

使っていないのでSX-OSのEmunandの場合は知らないけど
CFWが起動しなくなるのは未対応のOFWVer.に上げた時。
うっかり公式で未対応Ver.にアップデートしない限りは
CFWとOFWを行き来してても困ることは無いよ
fuseは現在のOFWのVer.に従って焼かれるけどね

fuseが焼かれることのデメリットは
完全な形でダウングレード出来なくなること
基本的にはCFWが起動さえすれば良いので
対応しているVer.までならfuseは気にしなくて良いと思う

Ver1.00や3.00なんかにはより脆弱なexploitがあるらしいけど
それは開発者くらいしか恩恵ない気がするんだよね
今の流れならエンドユーザはCFWが起動するVer.を
保ってれば良いと思う。