=== External Retroarch ===
This mod will move /etc/libretro to the attached external usb drive at hakchi/libretro,
it will then use that location for all retroarch cores instead of the internal nand memory.
ってかいてあるじゃん。何のMODか分からず入れちゃだめだよ。
MODを入れるとコアをUSBドライブに参照するようになる。
MODがなければ通常通りNANDにあるコアを参照する。

そのMOD使ったことないから詳しくはわからないけど
USBとNANDにあるコアが違うから動くハードが違ってるんじゃない？