いちいちhakchiで同期取らなくても大丈夫だよ。
コマンドラインの変更はUSBのdesktopファイルをメモ帳で修正すればいいし
ROMデータもhakchiのGUIでゲームの登録だけして同期はせず
出来上がった追加分のフォルダだけUSBにコピーしてあげればいい。
Fastcopyとか使えばコピーも早いよ。

ちょっと慣れが必要だけどUSBの構成とかわかっちゃうとラクチンチン。