多分データベースの再構築が掛かったんじゃないか　今あるPKGのインストール方法だとDB再構築が掛かるとインストールした物がホームから消えるから。
インストールした物はHDDに残ってるから、確かapp.dbのバックアップ取ってたらそれ戻すことでまたホームに表示されるはず。
app.dbのバックアップ取ってないならHDDにゴミが残るのと同義なんで初期化しても問題無い