px68kの2枚組以上対応のスクリプトが出来た。
以下の内容でpx68k2 ってスクリプトファイルを作って
コマンドラインを書き換えてファイルを２つ分書けば
FD0とFD1両方入った状態で起動するはず

#!/bin/sh
rom1=$1
rom2=$2
shift 2
sed -i -e '/^FDD1=/d' /etc/libretro/system/keropi/config
echo FDD1=$rom2 >> /etc/libretro/system/keropi/config
exec retroarch-clover px68k "$rom1" "$@"