誘導されたので、同じ事を書きます
https://medaka.5ch.net/test/read.cgi/gameurawaza/1568756480/740

ゲーム本体と更新データそれぞれのCIAをbatch CIA 3DS decryptor
で複合化

これだと、ゲーム本体のユニークID等の情報が全部とんで、ユニークID 00000000のゲームとしてcitraで認識される。
更新データの方はユニークIDがちゃんと残っていて、正しいユニークIDで、citraに登録される。

ゲーム本体がパッチを当てようとすると、パッチを当てるゲームが無いので、エラーになるみたい

ただ、更新データアプリのフォルダを00000000にしてるとcitraがよきに計らってくれるみたいだけど。

正しいRSFを設定してPCで再構築するか、
3DSで正しい複合化すれば良さそうだけど