何回やってもできないと思ってたら拡張子ダブルになってた。
CDコマンドでfake_npのディレクトリに移動して、

fake_np -b 使いたいヘッダへのパス -c 変換したいiso名(拡張子を含めたファイル名)　で行けた。

下のような感じ。
fake_np -b C:\Users\（パソコンのユーザー名）\Desktop\EBOOT.PBP -c NP.ISO

俺はこれでいけた。