質問なら何の改造コードを入れたのか詳しく書くべきかな。
ちなみにエミュレータで改造コードを使った場合はパッドコードでゲーム途中で
プログラム部分を書き換えるコードは効かないからね。データ部分はおｋ。
途中でなく最初からプログラム部分を書き換えるコードもタイミングが合わないと効かない場合もある。
その場合コード無しでステートセーブでセーブしてから、コードおｎにしてステートロードするとか工夫が必要。