こっちでもアプデ前からやってたデータで思考設定が勝手に変わるバグが出たから色々検証してみた
進め方は一日ごとにスキップ

アプデ前データをロードする→ロードした時点で思考設定が勝手に変わる
アプデ前データをロードする→思考設定が変えられた後にもう一度変えて進める→ペナントモードを終了させない限り変わらない（これはベストオーダーの入れ替えが無かっただけかもしれない）
アプデ後の新規データを進める→思考設定は変わらない
アプデ後の新規データを進めてからセーブしてロード→思考設定は変わらない

なのでとりあえずアプデ前のデータはロードする度に思考設定を元に戻せば一応大丈夫かもしれない　面倒くさいけど
たぶんセーブかロードの時にズレが起きてるっぽい
(同じデータをセーブとロードを繰り返すと思考設定がちょっとずつずれていく)