長くなったので分けました。
続きまして。利点の方。

＞理論的にはHPを除く全能力が最大値の個体を他配合よりも高確率で産み出せる。

全能力が最大値ということは全能力２５５ということでしょうか？
他配合よりも高確率になる理由がわかりません。
そもそも、その域に達すると産出される確率の誤差は
無視できるくらいわずかなものとなると思いますが。

この配合自体は、常に青字を維持できるという点は非常にすばらしいと思うのですが、
始祖牡羽＜毎代の牝羽の能力と　なることが早い段階でなされますので、
そのたびに始祖牡羽を更新するとなるとそれなりに効率的ではない点、
インブリードよりも能力上昇量が小さくなってしまうのが最大の欠点ではないでしょうか？

尚、父父二トロ＋アウトブリード＞父父二トロ＋インブリードとなる場合について
ですが。この場合、インブリードの裏ゲーム設定として以下の予想が立ちます。

「能力上昇量に減衰がかかる。」

仮にこれが正しいのであれば始祖父父二トロ筆者の書いている内容もうなずけます。

以上、長文駄文失礼しました。