威力加強工具で色々試した結果、カードの所持フラグの更新や調査の不具合は千階堂コマンド無関係でした。

どうやらカード回りの不具合はツール自体によるものっぽいですが対応可能です。

調査:(カード::剣聖.所持フラグ)==(0)

だと通らないですが

代入カードＥ:(960)//剣聖のカード番号
調査:(カード::カードＥ.所持フラグ)==(0)

というふうにやればコマンド無事に使えました。
あと発生条件内でカードの所持フラグ使う場合は上記の方法でも通らないですが

代入カードＥ:(960)//剣聖
条件ブロック:(カード::カードＥ.所持フラグ)==(1){
代入ａ:(1)
}
調査:(ａ)==(1)

という感じでいけました。（注意点として代入カードＡ〜Ｄは何故か使えないので代入カードＥのみ