天皇家はそれだけ日本国民からの信仰が厚かったのよ
いくら邪魔だからと天皇家を潰してしまえば日本全国の諸大名に逆賊として自分を討つ大義名分を与えてしまう
仮に日本の総理大臣が「天皇家は税金の無駄なので潰しましょう！」なんて言えばどうなるか考えれば想像に難くないはず