あんまり聞いたことのないバグだな。
武将移動とか城主任命で直らないか色々試してみるしかない。

そういえば俺も佐竹家でやったときに武将が分裂したことあるな。
佐竹義昭を別の城に移動したはずなのに、何故か移動前と移動後の両方の城で奉行に任命できた。
そのときはもう一回移動したら直ったかな？