折角書き込んでもらったのに申し訳ないのですが、
無論、故意にコメントを消した事はないです。
・荒らしを削除する時に誤って消した
・荒らしによって掲示板のデータが破損したときに消滅した。
・過去ログ化されている
のいずれかが考えられます。