消費税の処理は社食が完全に無料だとしても食材その他社食関連費の発生時点時点で

社食関連費（共通課税仕入）/未払費用

だから仕入税額控除は出来る筈

不課税になるのは他勘定振替で
給与/社食関連費　（自社社員分）
交際費/社食関連費　（派遣社員分）
という振替を切る場合、じゃないかな

（源泉所得税は省略）