月間変形労働時間制をとってるから一般の企業と勤怠は違うからね。
休日の定義
休日は、原則として暦日（午前0時から午後12時までの継続24時間）で与えなければなりません。
しかし、8時間3交代制などの番方編成による交替制を導入するような場合、
要件を満たせば休日は暦日ではなく、継続した24時間を与えれば差し支えないとされています

この会社は交代制なので、継続した２４時間を与えれば休日になる。
午前９時に勤務終了して、翌日の９時から勤務開始の場合は、勤務明けの日は休日になる。