社外常駐で客先と自社の休憩時間が異なります

客先には定時後の休憩時間が無いのですが
自社には定時後に一時間の休憩時間があり
客先で残業した場合、この休憩を採ることはできません

会社は顧客へ当然として社員が働いた分の請求書を送っています
しかし、社員に支払うのは休憩時間を引いた工数の給料です

これは法的に問題ないのでしょうか？