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厚生労働省　労働基準法に関するQ＆A　回答

　労働基準法に定められた年次有給休暇の取得に対する不利益取扱いの禁止について、労働基準法附則 第136条は、
使用者は年次有給休暇を取得した労働者に対して、賃金の減額その他不利益な取扱いをしないようにしなければならないということを規定しています。

年次有給休暇の取得を賞与査定 のマイナス要素として扱うことはこの規定に抵触することになりますので許されません。

http://www.mhlw.go.jp/bunya/roudoukijun/faq_kijyunhou_15.html