自分はクラ専で、「差分があります」って表示されてpレイヤーが1枚だけだったpsdしかなかった経験がないんだけど、あれってクリが自分でチェックボックス入れるの？
もし自動的に判定されるなら、>>887が言うようにオリジナルじゃない方を開いてるとか

あとは複数のpsd納品してて、レイヤー1枚のpsdの方（複数レイヤーのpsdファイルも納品されてる）を開いてるとかな気がする