商標権云々よりも名誉毀損問題かなぁ
特にネット小説は全世界公開だから、名誉毀損範囲が広い＝被害が増大と認識される可能性もある

特定商品を悪く書かなきゃ良いでしょ、というわけではなく、その小説の世界が万人に受け入れられるものではない場合は、名誉毀損と思われるかもしれない

だから相手に許可とってない場合は、実商品名や実会社名は書かない方が無難だと思う