確認した

ハーデスは「ゲーム開始時から捨て札になったすべてのカード〜」でマウソロス霊廟と同じ
マウソロス霊廟の方に明確化として箱に戻したカードは捨て札ではないと注釈があるので対象にならない
https://i.imgur.com/jWX2UDC.jpg

補足として、エンキ神の能力は「ゲーム開始時に捨て札となった進歩トークン〜」で
これは明らかに箱に戻されたものが対象なので、ややこしさを助長してると思う