それぞれ回答
参考になれば

・攻撃の対象が肉の盾を使用した場合
→これは「2.肉の盾使用者のみにダメージが発生」
　肉の盾で"全体攻撃"自体を消しちゃうわけだからね
　マシンガンなら弾を一人で全部受けた
　災禍なら武器を押さえ込んで止めたとかで考えるとわかりやすいかも

・攻撃対象者が防御でダメージを0にしても、全体に元々のダメージが当たる？
→自分がNCのときはそうしてる
　ダメージタイミングが発生した段階で、エリア内の全員にダメージタイミングが発生すると解釈してるよ

・命中箇所や大成功でのダメージ増加のための文言？
　それともジャッジタイミングが発生する？
→ジャッジマニューバの中には全体攻撃の際、自分だけに適用するって記述もあるから、多分後者……のはず
　少なくとも自分がNCのときはそうしてる